Werner Kathrein ist ein römisch-katholischer Theologe. Er wurde 1953 in Marburg geboren. Nach bestandenem Abitur 1972 in Amöneburg studierte Kathrein in Fulda und Freiburg Theologie und Philosophie. 1978 wurde er zum Priester geweiht. Danach war er zwei Jahre Kaplan in Fritzlar. Kathrein wurde 1980 zum Studium der Kirchengeschichte an der Theologischen Fakultät der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg beurlaubt. Zwei Jahre später promovierte er mit einer Studie über die Geschichte des Klosters Schlüchtern im Zeitalter der Reformation zum Dr. theol. Von 1983 bis 1986 war Kathrein als Sekretär von Erzbischof Johannes Dyba tätig. 1987 wurde er zum Domkapitular an der Kathedralkirche zu Fulda ernannt.
Kathrein ist Diözesanbeauftragter des Vereins für Ehe-, Familien- und Lebensberatung im Bistum Fulda. Seit 1996 ist er Diözesanrichter im Offizialat. 1993 wurde er zum Professor für Kirchengeschichte an der Theologischen Fakultät Fulda ernannt und im Jahr 1997 erfolgte seine Ernennung zum Domkustos.
Papst Johannes Paul II. verlieh Kathrein Ende 1999 in Anerkennung seiner Verdienste den Titel eines Päpstlichen Ehrenprälaten. Im September 2018 wurde er als Professor emeritiert, im Oktober 2021 schied er aus dem Fuldaer Domkapitel aus.

Publikation im Imhof Verlag:

Der Dom zu Fulda. 300 Jahre St. Salvator 1712–2012. 978-3-86568-755-5 (2012)

Wissenschaftlicher Beitrag in einer weiteren Publikation im Imhof Verlag:

Tradition und Wandel. Die Stiftsschule St. Johann in Amöneburg, 978-3-86568-904-7 (2012)